在撰写本文时，EJB 3.0 规范还处在建议的最终草案（Proposed Final Draft）阶段。以下是一些未解决的问题以及与 JPA 相关的预实现：
- 当前形式的 JPA 规范没有定义只读实体 bean。这让人困惑，因为兼容 EJB 2.1 规范的实体 bean 支持这种特性。Spring 框架也支持只读事务。
- 可插入的持久性提供者概念仍处于未交付的阶段。
- 标准乐观并发异常 -- OptimisticLockException -- 首次出现在 EJB 3.0 Proposed Final Draft 中。在持久性提供者执行它以前 ，您还需要使用特定于提供者的异常，如 Hibernate 的 StaleObjectStateException，来检测乐观并发问题。暂时，这种情况限制您的实现只能采用特定的持久性提供者。
Java EE 系列规范的较大问题与 JPA 没有任何关系。Java EE 系列规范的问题涉及到 Web 和 EJB 容器之间的集成。Spring 在此领域仍然具有主要竞争优势。JBoss 的 Seam 项目尝试使用自定义的方法来解决这一问题。Caucho Resin 应用服务器试图扩展容器边界并支持在 Web 容器中使用 @EJB 注释。我们希望 Java EE 5.1 将解决层集成的问题，为我们提供一个全面而标准的依赖性注入方法。
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